Ο Minato Sahashi είναι ένας πολύ έξυπνος νεαρός, παρ'όλο που έχει αποτύχει στις εισαγωγικές δύο φορές γιατί δεν ανταπεξέρχεται σε καταστάσεις υπό πίεση.
Μια μέρα, συναντά μια κοπέλα, την Musubi, που πέφτει επίθεσης. Η κοπέλα τρέχει αλλά τον παίρνει μαζί της και σύντομα ανακαλύπτουν ότι ο Minato είναι ένας Ashikabi, ένας από τους μυστηριώδεις masters που μπορούν να συνεργαστούν με μια από τις 108 Sekirei, μια τεχνητή μορφή ζωής σχεδιασμένη να πολεμάει άλλες Sekirei.
Αν ένας Sekirei βρει τον master του, μπορεί να αξιοποιήσει πλήρως της δυνάμεις του ώστε να κερδίσει το διαγωνισμό της μυστηριώδους εταιρίας MBI.