Η σχέση του Takuto με την κοπέλα του τη Maki κλονίζεται, καθώς αυτή είναι αφιερωμένη στην έρευνά της και σαν χαρακτήρας καταπιέζει όλα της τα συναισθήματα, αφήνοντας τη σχέση τους στον αέρα. Η ζωή όμως παίρνει μια τραγική τροπή όταν ο Takuto επισκέπτεται την πηγή έρευνας της Maki: ένα γιγαντιαίο Βιο-Μηχανικό εξωγήινο που ονομάζεται Frank. Καθώς προσπαθούν να «ξυπνήσουν» τον Frank, το κτίριο καταρρέει και ο Takuto είναι ο μόνος επιζών.
Μήνες αργότερα, Takuto ξυπνά σε ένα νοσοκομείο με σκοπό να εκδικηθεί και όταν ο μυστήριος Δρ. X του προσφέρει μια νέα ταυτότητα που μπορεί να χρησιμοποιήσει για να καταστρέψει τον Frank, δέχεται. Με το νέο του όνομα Ryu Soma και τη νέα θέση του στην Funeral, μια στρατιωτική οργάνωση υπεύθυνη για την καταστροφή των εξωγήινων εισβολέων, ο Takuto ετοιμάζεται για να πάρει την εκδίκησή του...