Η ιστορία εκτυλίσσεται γύρω από δυο κεντρικούς γυναικείους χαρακτήρες.
Ο νεότερος χαρακτήρας, η Margerette Barton, είναι κόρη μιας αριστοκρατικής οικογένειας σε μια ειρηνική ευρωπαϊκή χώρα. Δεν έχει καμία προσωπική ελευθερία και η μόνη σύντροφός της είναι η υπηρέτρια της η Elenor. Φαίνεται ότι κάποιο αεροπορικό ατύχημα πριν 12 χρόνια την έκανε να χάσει τις μνήμες της για τη ζωή της μέχρι τότε. Στη φαινομενικά ειρηνική χώρα της Nafrece, η Margaret Burton ζει μια ήρεμη ζωή.
Ο άλλος χαρακτήρας, η MADLAX, είναι μια ανώνυμη μισθοφόρος χωρίς γνωστό παρελθόν που συμμετέχει σε πολέμους που διχάζουν τις χώρες και τις γεμίζουν με χάος. Κανένας δεν ξέρει το αληθινό όνομα ή την ηλικία της MADLAX που θεωρείται η κορυφαία στον τομέα της.
Στη χώρα Gazth-Sonika, o εμφύλιος πόλεμος οργιάζει. Όσο διαφορετικές και αν φαίνονται οι ζωές τους, συνδέονται μεταξύ τους με μυστηριώδης δεσμούς, και από ένα ιερό βιβλίο που προσπαθεί να το αποκτήσει και μια ύποπτη οργάνωση, η Anfan. Καθώς η Margaret και η Madlax ακολουθούν το μονοπάτι του πεπρωμένου τους, έρχονται πολύ κοντά στην αποκάλυψη της αλήθειας - χωρίς να είναι σίγουρες ότι είναι μια γνώση που αντέχουν να μάθουν...