Λίγο καιρό αργότερα μετά την σειρά
Rockman.EXE Axess ο παλιός εχθρός του Rockman, Puku, που τώρα έγινε εν μέρει φίλος του ανακαλύπτει ένα μυστηριώδες μωρό Navi από το Beyondard, τον μικρό Trill, ο οποίος έχει μία ειδική δύναμη ικανή να εξαφανίσει τους άλλους Navi.
Τώρα ο Rockman και οι φίλοι του καλούνται να λύσουν το μυστήριο της ύπαρξης αυτού του μωρού navi σε αυτόν τον κόσμο. Από την άλλη, εχθροί από την Beyondard αναζητούν το μωρό με σκοπό να κατακτήσουν τον διαδικτυακό και τον πραγματικό κόσμο...