Ο Lupin, o Goemon και o Jigen παίρνουν ένα ελικόπτερο και κατευθύνονται στο μυστήριο Νησί "Drifting" ψάχνοντας για έναν θησαυρό που είναι φημισμένος ότι είναι κάπου εκεί κρυμμένος. Μέσα στην αναζήτηση γίνονται αντιληπτοί από την "Νανομηχανή", το προστατευτικό σύστημα του νησιού.
Το κλειδί για να λύσουν το μυστήριο αυτού του νησιού κρύβεται μέσα σε μια μικρή φυλή, της Zufu. Αυτό το νησί τώρα είναι υπό την κυριαρχία του αδίστακτου συλλέκτη μαχαιριών, Λοχαγό Headhunter. Eν το μεταξύ η Fujiko μπαίνει στο σύστημα του Νησιού για να μάθει περισσότερες πληροφορίες για τον Headhunter και ο Lupin στέλνει ένα μήνυμα στον Αστυνόμο Zenigata για τον θησαυρό που πρόκειται να κλέψει. Στο πλευρό του Zenigata έρχεται η Oleander, μια αστυνομικός με δικά της κρυμμένα μυστικά.
Με αυτόν τον τρόπο τώρα ο Lupin, o Goemon, o Jigen και η Fujiko κατευθύνονται στο Νησί "Drifting", χωρίς να ξέρουν όμως πως ο Headhunter τους παρακολουθεί...