Ο Επιθεωρητής Zenigata απαλλάχτηκε από την υπόθεση του Lupin με αποτέλεσμα να είναι σε διαθεσιμότητα και να μεθάει μαζι με τον Lupin και τον Jigen. Ο Lupin αποφασίζει να συνεργαστεί με τον Zenigata σε μία υπόθεση σχετικά με κάτι λαθρέμπορους όπλων ονόματι "Shot Shell".
Ο Lupin μαζί με την ομάδα του και τον Zenigata κλέβουν ένα ρώσικο υποβρύχιο και την επιστήμονα Karen Korinsky για να τους βοηθήσει να χειριστούν το υποβρύχιο και να προστατευτεί απο τους "Shot Shell". Tαυτόχρονα η ICPO αναθέτει στον Keith Hayden την υπόθεση του Lupin, που αντίθετα από τον Zenigata αυτός τους θέλει νεκρούς...