2312 A.D. Τέσσερα χρόνια έχουν περάσει από την μάχη των Celestial Being εναντίων στις δυνάμεις των ηνωμένων εθνών (UN Forces) και ο πόλεμος ακόμα μαστίζει την Γη.
Την δημιουργία της Γήινης Ομοσπονδίας (Earth Sphere Federation) ακολούθησε η ίδρυση του Arrows, μίας ανεξάρτητης από τον ομοσπονδιακό στρατό, στρατιωτικής δύναμης που προφασιζόμενοι την ασφάλεια και την επέκταση της ομοσπονδίας στους πολίτες της, κυνηγάει ανελέητα όσους της αντιτίθενται και εκβιάζει τα ανεξάρτητα κράτη να υποταχθούν ή να καταστραφούν.
Η τελευταία ελπίδα όσων αντιστέκονται ακόμα είναι η υπεροχή των Gundam. Καθώς τα εναπομείναντα μέλη των Celestial Being συσπειρώνονται γύρο από τον Setsuna F. Seiei για να αλλάξουν για ακόμα μια φορά τον κόσμο.