Η ιστορία ξεκινάει τον Ιούλιο του 2008, κατά τη διάρκεια που η ανθρωπότητα έχει έρθει αντιμέτωπη με τον αφανισμό. Ένας καταστρεπτικός πόλεμος μεταξύ 2 μεγάλων εθνών με ηλεκτρομαγνητικά όπλα πολύ μεγαλύτερα απ' οτιδήποτε έχουμε δει ποτέ, φέρνει το απόλυτο χάος και τη καταστροφή σε όλο τον κόσμο, με συνέπεια διάφορους σεισμούς και παλιρροιακά κύματα, η γη ρίχνεται από τον άξονά της, η επιφάνειά της που δονείται από τις ογκώδεις μετακινήσεις, και οι πέντε ήπειροι σχίζονται εντελώς και βυθίζονται βαθιά κάτω από τη θάλασσα.
Η προσπάθεια ενός γκρουπ ανθρώπων να φύγουν στο διάστημα απέτυχε, αναγκάζονται να επιστρέψουν στη γη με τα διαστημόπλοιά τους και εξαφανίζονται, καταστρέφοντας κατά συνέπεια τις ελπίδες τους. Αλλά ένα από τα διαστημόπλοια οριακά γλύτωσε από την καταστροφή και συνετρίβει και σε ένα μικρό νησί που από θαύμα είχε επιβιώσει από την ερήμωση. Τα μέλη του πληρώματος του διαστημόπλοιου εγκαταστάθηκαν εκεί, σαν ήταν σπόροι που σπάρθηκαν στο νησί.
Ανάμεσα στους επιζώντες, ένα αγόρι που ονομάστηκε Conan γεννήθηκε, φέρνοντας ένα νέο κύμα ελπίδας στη γη. Μετά από αρκετά χρόνια, που κατά τη διάρκεια οι περισσότεροι επιζώντες απεβίωσαν και ο μόνος άνθρωπος που έμεινε στο νησί ήταν ο Conan και ο παππούς του. Μία μέρα ο Conan σώζει ένα κορίτσι στην παραλία που τη λέγανε Lana και μαθαίνει την αληθινή φύση του υπόλοιπου κόσμου. Αργότερα η Lana απαγάγεται, η καλή φύση του Conan τον ωθεί στη μεγαλύτερη περιπέτεια της ζωής του: να βρει τη Lana, τον High Harbor, τον Dr. Lao, και ένα τρόπο να χτυπήσει το κακό και την καταπιεστική πόλη Industria.