O Νιλς Χολγκερσον είναι ένα ξανθό αγοράκι από την Σουηδια, που φορά ένα χαρακτηριστικό κόκκινο σκουφάκι, στην άκρη του οποίου έχει μια σφυρίχτρα. Σαν κάθε μικρό αγοράκι αρέσκεται να ταλαιπωρεί τα ζώα της φάρμας του πατέρα του, χωρίς να καταλαβαίνει πόσο υποφέρουν.
Μια μέρα, όμως, πήρε το μάθημα του. Ένα ξωτικό, που είχε την ατυχία να πέσει στα χέρια του σκανταλιάρη Νιλς, τον μεταμορφώνει σε νάνο. Έπειτα ο Νιλς θα ανακαλύψει πόσο τον αντιπαθούν τα ζώα, που μέχρι προ τίνος τους είχε βγάλει την πίστη.
Οι περιπέτειες του θα αρχίσουν όταν μαζί με την οικόσιτη χήνα του, τον Μαρτιν και το σκιουράκι του, το Ψίχουλο, θα ξεκινήσουν να πετούν με ένα σμήνος αγριόχηνων με αρχηγό την σοφή χήνα Άκα.