400 χρόνια πριν, στην εποχή του εμφυλίου πολέμου, υπήρχε μια συγκεκριμένη ομάδα Ninja. Το όνομα της ομάδας ήταν Hokage και μια εσωτερική διαμάχη τους κατέστρεψε εντελώς. Ο Hanabishi Recca είναι ένας από τους απογόνους αυτής της φυλής, ο οποίος στάλθηκε στην σημερινή εποχή με την τεχνική του χειρισμού του χρόνου.
Ο Recca σχεδόν σκοτώνεται σε ένα ατύχημα, αλλά ένα κορίτσι, η Yanagi, τον θεραπεύει με τις δυνάμεις της. Στην συνέχεια, μια άγνωστη γυναίκα τους επιτίθεται και ο Recca για να προστατεύσει την Yanagi απελευθερώνει μια δυνατή φλόγα προς αυτή την γυναίκα. Μετά από αυτό το περιστατικό, κάποιοι επιθυμούν να αποκτήσουν την δύναμη της Yanagi και οι περιπέτειες του Recca ξεκινούν καθώς προσπαθεί να την προστατεύσει από τους κινδύνους που ακολουθούν.