Πριν απο 100 χρόνια μια ολόκληρη πόλη καταστράφηκε και μαζί με αυτήν πολλοί άνθρωποι σκοτώθηκαν. Σε μια τελετή για τον εορτασμό των γενεθλίων του, όλα θα αλλάξουν για τον νεαρό Oz , χωρίς να καταλάβει τί έχει συμβεί, θα δεχτεί επίθεση από κάποιους (Reapers) που προσπαθούν να τον στείλουν στην άβυσσο για πάντα.
Ένα Chain, που ονομάζεται Alice ή αλλιώς Bloodstained Black Rabbit (B-Rabbit), αρχικά θέλει να τον σώσει, όμως αλλάζει γνώμη και ο Oz καταλήγει μαζί της στο Abyss. Χωρίς άλλη επιλογή, ο Oz κάνει ένα συμβόλαιο μαζί της, για να φύγει παίρνοντας και όλες τις δυνάμεις της.
Τί θα γίνει όμως όταν η εποχή που θα βρεθούν είναι 10 χρόνια μετά την εξορία του; Ποιος είναι εχθρός και ποιος φίλος; Ποια είναι η μυστική οργάνωση Pandora Hearts; Τί θέλει από τον Oz και πώς συνδέονται όλα με την τραγωδία 110 χρόνια πριν;
Οι χαρακτήρες και διάφορα μέρη είναι βασισμένα στην ταινία Η Αλίκη στην χώρα των θαυμάτων, χωρίς όμως οι ιστορίες να μοιάζουν.