O Paradox, ένας μονομάχος από το μέλλον, ζει με την επιθυμία να κυριαρχήσει τον κόσμο. Για να το πετύχει αυτό πρέπει να ταξιδέψει στο παρελθόν και πάρει τον Studarst Dragon από το άτομο που τον κατέχει, τον Yusei Fudo.
Ανακαλύπτοντας τους σκοπούς του Paradox, ο Yusei καταφεύγει στο παρελθόν για να ζητήσει βοήθεια από τα μονά άτομα που είναι ικανά να τον αντιμετωπίσουν, που δεν είναι άλλοι από τους Yugi Muto και Judai Yuki.