Στο μέλλον η Ιαπωνική κυβέρνηση έχει κατασκευάσει ένα καινούριο όπλο με το όνομα Infinite Stratos. Ιδιαιτερότητα αυτού του όπλου είναι ότι μόνο γυναίκες μπορούν να το χειριστούν.
Η ιστορία ξεκινά όταν ο Orimura Ichika, αγγίζοντας κατά λάθος ένα όπλο IS, ανακαλύπτει ότι είναι ο μοναδικός άνδρας που μπορεί να χειριστεί τα όπλα αυτά. Στο εξής η ζωή του αποκτά τρομερό ενδιαφέρον στην σχολή των χειριστών IS, η οποία είναι φυσικά γεμάτη κορίτσια!