Η ταινία τοποθετείται στο Universal Century, 30 χρόνια μετά την αντεπίθεση που οργανώνει ο Char Aznable και 27 χρόνια από τα γεγονότα του Gundam Unicorn, δηλαδή στα U.C. 0123.
Ο Seabrook Arno και η παιδική του φίλη Cecily Fairchild ζουν στην ειρηνική παραμεθόρια αποικία IV. Ωστόσο η αποικία αποτελεί τον πρώτο στόχο της επίθεσης του προσωπικού στρατού της οικογενείας Ronah, της Crossbone Vanguard. Ο αρχηγός της οικογενείας Ronah, ο Carrozo Ronah εργάζεται πυρετωδώς πίσω από την σιδερένια του μάσκα για να εγκαθιδρύσει την αριστοκρατική του ουτοπία, την Cosmo Babylonia στις παραμεθόριες αποικίες του τομέα 4. Όταν η επίθεση ξεκινά, η παρωχημένης τεχνολογίας άμυνα της αποικίας πέφτει γρήγορα και η Cecily Fairchild αιχμαλωτίζεται από την Crossbone Vanguard για να ανακαλύψει πως έχει μεγαλύτερο ρόλο στην νέα πολιτική και στατιστική κατάσταση που διαμορφώνεται από ότι θα μπορούσε να πιστέψει. Και ενώ η Cecily αντιμετωπίζει δύσκολες αποφάσεις, ο Arno που έχει επιζήσει της επίθεσης είναι πλέον ο πιλότος του F91 Gundam και πολεμάει στο πλευρό της αντίστασης.