Ο Kazuki, άλλος ένας κλασσικός μαθητής γυμνασίου προσπαθώντας να σώσει μία κοπέλα που κινδυνεύει, πεθαίνει μοιραία από ένα τρύπημα την καρδιά που το προκαλεί ένα άγνωστο είδος τέρατος εν ονόματι Homunculi. Εκεί παίρνει τον ρόλο η Tokiko, μία νεαρή Αλχημίστρια πολεμίστρια που του δίνει πίσω την ζωή χάρις την δύναμη του Kakugane, μία αλχημική δύναμη που αντικαταστεί την καρδιά του.
Δίνοντας την ζωή του πίσω, το Kakugane ενσωματώνεται στην ψυχή του Kazuki ξεκλειδώνοντας τις πολεμικές του δυνατότητες, και έτσι η περιπέτεια του μαζί με την Tokiko για την καταστροφή των Homunculi ξεκινάει…