O Rantarou, o Shinbei και ο Kirimaru είναι μαθητευόμενοι ninja στην σχολή Ninja Gakuen όπου οι νεοσύλλεκτοι εκεί λέγονται "Nintama" (βγαίνει από τις λέξεις ninja+tama (αβγό)).
Πρέπει να μάθουν τα πάντα που πρέπει να ξέρει ένας σωστός ninja αλλά για τον Rantarou και τους φίλους του το πιο σημαντικό είναι τα χρήματα, το φαί και το παιχνίδι...