Τρία χρόνια μετά το καταστροφικό συμβάν που σκότωσε οτιδήποτε ζωντανό υπήρχε έξω από την πόλη του Τόκιο, ο πόλη δέχεται τελικά επίθεση από έναν άγνωστο εχθρό.
Καθώς ο Ayato Kamina θρηνεί την αγαπημένη του από την προηγούμενη καταστροφή, συναντάει την Haruka Shitow, πράκτορα της οργάνωσης TERRA που του εξηγεί την αλήθεια πίσω από τις μυστηριώδεις επιθέσεις.
Η συνάντηση του Ayato με το τεράστιο ρομπότ ονόματι RahXephon είναι μόνο η αρχή...