Μια σειρά παράξενων γεγονότων αρχίζει να συμβαίνει στην πόλη Ayanagi, μια πόλη κοντά στη θάλασσα της Ιαπωνίας. Το "σύνδρομο απάθειας" εμφανίζεται ξανά μετά από 10 χρόνια. Το πλήρωμα ενός υποβρυχίου εξαφανίζεται ξαφνικά ενώ βρισκόταν μέσα στο υποβρύχιο τους. Η περίπτωση του ενός φρικτά παραμορφωμένου πτώματος.
Την ίδια εποχή, ο μαθητής γυμνασίου Shin Kanzato με το μικρό αδελφό του Jun, συναντιέται με τον μεγαλύτερο αδελφό τους Ryou, που είναι προϊστάμενος της αστυνομίας πόλεων Ayanagi, ξανά μετά από πολλά χρονιά...
Ενώ ο Ryou προσπαθεί να βρει τι κρύβεται πίσω από όλα αυτά, ο Shin κάνει το λάθος να αναμιχθεί στο γεγονός, γεγονός που θα ξυπνήσει μέσα του την δύναμη της "Persona".