H Νάντια ένα νέο κορίτσι, άγνωστης προέλευσης και ο Jean, ένας νέος γαλλικός εφευρέτης. Νωρίς στην ιστορία οι 2 πρωταγωνιστές διώκονται από τους Grandis Granva, Sanson, and Hanson, μια συμμορία κλεφτών που ακολουθούν τη Νάντια για το μπλε κόσμημα που κατέχει. Στη συνέχεια της σειράς οι πρωταγωνιστές σώνονται από τον καπετάνιο Nemo και το υποβρύχιο του (the Super Sea Cruiser Nautilus).
Οι κλέφτες κοσμημάτων, και οι νέοι πρωταγωνιστές ενώνουν τις δυνάμεις τους και συμμετέχουν στην προσπάθεια ενάντια στις Neo-Atlantean δυνάμεις, οι οποίες επιδιώκουν να εξουσιάσουν τον κόσμο.
Στη διαδικασία, η Νάντια και ο Jean εκτός από το να σώσουν τον κόσμο από τη βίαια κυριαρχία από τις Neo-Atlantean δυνάμεις που οδηγούνται από τον Gargoyle, ερευνούν τα κοσμικά μυστήρια και τις δυνάμεις του μπλε κοσμήματος, που αποκαλύπτουν τους κρυμμένους οικογενειακούς δεσμούς της Νάντια και ανακαλύπτουν τελικά τη μυστική προέλευση της.