Αρκετούς μήνες μετά από τότε που η Nanoha έγινε μάγισσα και ακόμα δεν έχει καταφέρει να δει την φίλη της Fate Testarossa που κρατείτε απο το Space / Time Administration Bureau για την ανάμειξη της με τα γεγονότα με τη Lost Logia.
Παρά όλα αυτά η συνάντηση τους γίνεται κάτω από δραματικές καταστάσεις αφού μια ομάδα μάγων που αυτοαποκαλούνται "Velka-Type Knights" πολεμούν την Nanoha για να πάρουν την μαγική της δύναμη για να γεμίσουν τις σελίδες του Book of Darkness.
Η Nanoha και η Fate συνεργάζονται ξανά για να σώσουν τον κόσμο...