Στην πρώτη μέρα της Mato Kuroi στο Γυμνάσιο, γνωρίζεται με την Yomi Takanashi, την συμμαθήτρια της και γίνονται κολλητές.
Παρόλο που η Mato είναι αθώα και τελείως αφελής ενώ η Yomi αντιθέτως αρκετά ώριμη, ο χρόνος που ξοδεύουν μαζί ενισχύει την όλο και αυξανόμενη φιλία τους. Καθώς όμως προχωρούν στο δεύτερο έτος τους στο σχολείο, αλλάζουν τάξειςς, και έτσι αρχίζουν να απομακρύνονται η μια από την άλλη.
Ταυτόχρονα, σε έναν παράλληλο κόσμο, δυο κορίτσια πολεμούν μεταξύ τους. Η μια έχει ένα φλεγόμενο μπλε μάτι, (Black Rock Shooter) και άλλη κρατάει ένα κατάμαυρο, (Dead Master). Πως θα καταλήξει η μάχη τους?