Στην μακρινή Μακεδονία, γεννιέται o μεγαλύτερος στρατηλάτης και Βασιλιάς μετά τον πατέρα του, Φίλιππο, ο γνωστός σ' όλους μας Μέγας Αλέξανδρος. Σ' αυτή την anime σειρά ο Μεγαλέξανδρος ξεκινάει ένα μακρινό και φανταστικό ταξίδι για να κατακτήσει όλα τα έθνη και να γίνει μεγάλος βασιλιάς.
Στην διάρκεια του ταξιδιού του αντιμετωπίζει μυστήριους δολοφόνους που τον κυνηγούν, μαθαίνει για τους Πυθαγόρειους Κρυστάλλους (δημιουργήματα του Αριστοτέλη του Μαθηματικού) και ανακαλύπτει σκοτεινές προφητείες για το τέλος του κόσμου...