Οι γονείς του μικρού Hajime Amamori σκοτώνονται σε μια έκρηξη στο σπίτι τους. και έτσι ο Hajime πάει να ζήσει με τον θείο του τον καθηγητή Amamori σε ένα αστεροσκοπείο κοντά στο Τόκυο. Εκεί ο καθηγητής ανακαλύπτει ότι ένας πλανήτης θα περάσει ξυστά από την Γη στις 9/9/1999 ώρα 9:09:09.
Ο προηγουμένως άγνωστος πλανήτης, που αργότερα θα μάθουν ότι ονομάζεται Lar Metal, περνάει κάθε χίλια χρόνια από την Γη και προκαλεί τεράστιες καταστροφές, αυτή όμως η φορά θα είναι η χειρότερη.
Ενώ οι επιστήμονες προσπαθούν να βρουν τρόπο να αντιμετωπίσουν την κατάσταση, η νεαρή δασκάλα και φίλη του Hajime, Yayoi Yukino, που δουλεύει στο αστεροσκοπείο το καλοκαίρι, εργάζεται μυστικά για την σωτηρία της Γης.