Έτος 2977. Η ανθρωπότητα αρχίζει να εξαφανίζεται. Όλες οι δουλειές γίνονται από μηχανές, ενώ οι άνθρωποι ξοδεύουν τον χρόνο τους στη διασκέδαση.
Αλλά όταν ένας μυστηριώδης εχθρός από τα αστέρια απειλή την Γη, μόνο ο θρυλικός διαστημο-πειρατής Καπετάνιος Harlock μαζί με το πλήρωμά της Arcadia,έχουν το κουράγιο να αντιμετωπίσουν τον εχθρό.