O Masaru με τον agumon, o Thomas με τον Gaomon και η Yoshino με τη Lalamon προσπαθούν και αγωνίζονται, αν και ζουν σε έναν κόσμο που τα digimon και οι άνθρωποι τρέφουν αμοιβαίο μίσος, να πείσουν τις δύο πλευρές για αρμονική συνύπαρξη και ειρήνη.
Ως μέλη τις οργάνωσης DATS και φίλοι των digimon, στην προσπάθεια να εξιχνιάσουν την αιτία του μίσους αυτού, έρχονται αντιμέτωποι με πολύ πιο δυνατά digimon κι ανελέητους εχθρούς αλλά ακόμη και με θεούς.