Η όμορφη νεαρή Shana που ακούγεται στο όνομα "Flaming-Hair-And-Red-Eyes Hunter" με τον πιστό της σύμβουλο και Βασιλιά του Crimson World, Alastor, συνεχίζει την μάχη της στην δεύτερη season(την συνέχεια του Shakugan no shana season 1) και μαζί τους ο νυν "Πυρσός", Sakai Yuji, του οποίου απέκτησε την ικανότητα να ζει αιωνίως.
Σε αυτήν την season αντιμετωπίζουν νέα τέρατα, γνωστά ως Tomogara No Guze, των οποίων έχουν στον στόχο μία μυστική δύναμη που κατέχει ο Yuji, το Reiji Margo.Δύναμη που πρόσφατα ανακαλύπτει ο Yuji μετά από την πολύ σκληρή εκπαίδευση που έχει περάσει από την Shana και τον Alastor.
Καθώς εκπαιδεύεται για να μάθει τα μαγικά για να γίνει έτοιμος στις μάχες μαζί με την Shana, ανακαλύπτει νέες δυνάμεις που θα του φέρουν δυσάρεστα γεγονότα ή πόσο μάλλον και ευχάριστα...