Βασισμένο στο ομώνυμο Playstation 2 παιχνίδι Xenosaga.
Στο μακρινό μέλλον η Shion Uzuki, μία 22χρονη όμορφη αξιωματικός της U.M.N., με τον βοηθό της, Allen πειραματίζονται πάνω σε ένα cyborg, την KOS-MOS, ώστε να γίνει το καλύτερο όπλο εναντία στα φαντάσματα με το άκουσμα του ονόματος Gnosis.
Η αποστολή της είναι να αποτρέψει το τέλος του κόσμου πάνω στην New Militia με την βοήθεια της cyborg, KOS-MOS, τον μεγάλο αδερφό της, Jin Uzuki, την όμορφη μικρή Realian, την MOMO, της οποίας έχει στην κατοχή της σημαντικές πληροφορίες που θα μπορούσαν να βλάψουν τον κόσμο, και με τους φίλους της.